2025.08.30

カテゴリ：法務/労務管理/規制

タグ：ノウハウ

通勤手当への課税はいつから？基本ルールと企業担当者が備えておくべきこと

「通勤手当って、いつから課税されるんだろう…」

「制度が変わると、給与計算や規程をどう直せばいいのか不安だ」

経営者や企業の担当者であれば、こうした疑問や不安を抱いた経験があるのではないでしょうか。最近では政府で通勤手当への課税が検討されており報道も増えているため、社員から問い合わせを受けて戸惑う場面も少なくありません。

そこでこの記事では、まず現行の通勤手当に関する課税・非課税のルールを整理し、さらに政府で議論されている課税案の背景や最新の検討状況をわかりやすく解説します。加えて、まだ制度が確定していない今だからこそ企業が備えておくべき実務対応についても具体的に紹介します。

通勤手当の課税に不安を感じている方は、ぜひ最後まで目を通して備えを始めてください。

通勤手当の課税・非課税の基本ルール

まずは、原稿の通勤手当に関する税金のルールを知っておきましょう。次の項目に沿って詳しく解説します。

• 非課税になる範囲と上限額
• 課税対象となるケース

非課税となる範囲と上限額

通勤手当は「一定額まで非課税」というルールが設けられています。公共交通機関を利用する場合、最も経済的で合理的な経路を前提に、月15万円まで非課税となります。

例えば定期券代を会社が支給する場合、この上限以内であれば給与に加算しても課税所得には含まれません。一方でマイカーや自転車通勤では、通勤距離に応じたガソリン代等が非課税対象になります。

ここで注意が必要なのは「社員が自由に選んだ高額ルート」や「実際の距離を超える申請」をそのまま非課税にしてしまうと、税務調査で指摘を受けるリスクがある点です。

単なる支給額の管理ではなく、合理性のあるルートや距離を証明できる資料を確保することで、トラブルを避けられます。

課税対象となるケース

通勤手当はすべてが非課税になるわけではありません。課税対象になるケースとして代表的なのが、非課税限度額を超えた支給分です。たとえば電車定期代が月16万円だった場合、上限の15万円を超えた1万円は給与所得として課税対象になります。

また、現物支給にも注意が必要です。社用車を私的利用できる形で貸与した場合や、駐車場代を実費以上に補助した場合は、実質的に給与とみなされるため課税対象になる可能性が高いでしょう。さらに、実際の通勤距離や経路を超えた申告を基に定額を支給すると、差額部分は「通勤とは関係ない支給」と判断され課税されます。

現場でありがちな例として、引っ越し後に通勤距離が短縮されたのに、以前の金額で支給し続けてしまうケースが挙げられます。こうした状況は経理担当が気づきにくく、税務調査で発覚すると追徴課税につながりかねません。

課税対象の判断は単純な金額計算にとどまらず、「実態に合っているか」が問われるのです。

政府で検討されている課税案の概要

2023年6月の政府税制調査会から、政府では通勤手当に対する課税が検討されています。政府で検討されている課税案はどのようなものなのか、詳しく解説します。

課税が検討されている理由

通勤手当をめぐって課税の是非が議論される背景には、大きく二つの要素があります。第一に、財政負担の増大です。

日本では多くの企業が通勤手当を支給しており、非課税枠が広いため国家としては相当規模の税収を取りこぼしている状況があります。特に公共交通機関の利用者が多い都市部では、企業規模を問わず支給額が膨らみやすく、制度全体の公平性が問われやすいのです。

第二に、公平性の観点です。住宅手当や在宅勤務手当など他の手当は課税対象となる一方、通勤手当だけが大きく非課税扱いとなることに対して、「制度間のバランスが取れていないのでは」という指摘が強まっています。実際にリモートワークの普及によって「通勤しない人との不公平感」を指摘する声も出ています。

経営者や担当者にとっては、これは単なる制度変更ではなく、社会全体の税負担の在り方を見直す議論の一環であると理解する必要があるでしょう。

報道や公表されている検討内容

通勤手当の課税に関しては、政府内での議論が始まった段階であり、正式に制度改正が決定されたわけではありません。報道では「非課税枠を縮小する案」や「原則課税とする方向性」が取り上げられており、与党税制調査会や財務省の検討テーマとして注目されています。

ただし現時点では、通勤手当の課税について詳細が決まったわけではありません。そのため企業担当者としては「すぐに制度が変わる」と過度に懸念する必要はない一方で、議論の行方を定期的にチェックしておく必要があるでしょう。特に給与計算や就業規則に直結する制度であるため、情報を把握していないと社員からの問い合わせに答えられず、不信感を招くリスクがあります。

通勤手当にいつから課税されるかは未定

多くの担当者が最も気になるのは「いつから通勤手当に課税されるのか」という点ですが、現時点では明確な施行時期は決まっていません。

税制改正は通常、政府の方針決定→与党税制調査会での議論→国会での法改正→施行という流れを経ます。そのため、仮に課税が決定したとしても、即座に翌月から反映されるような性質のものではありません。過去の制度変更を見ても、年度改正として翌年4月からの施行になるケースが多く、企業には一定の準備期間が設けられるのが通例です。

しかし、報道段階の情報だけをもとに社内規程を急いで変えてしまうと、後に内容が異なった場合に再修正が必要となり、かえって混乱を招きかねません。

現段階でできることは、「まだ未定である」という事実を正しく社員に伝え、必要に応じて情報をアップデートできる体制を整えることです。焦らず冷静に情報収集を続けることが、企業にとって最も現実的な対応といえます。

通勤手当への課税に向けて企業が今のうちに備えておくべきこと

通勤手当への課税に向けて、企業は次のような準備をしておくとよいでしょう。それぞれ、詳しく解説します。

• 現行制度を正しく運用する
• 規定やシステムの柔軟性を確保する
• 社員への説明・情報共有

現行制度を正しく運用する

通勤手当の課税が検討されているとはいえ、現時点で有効なのは従来の制度です。

そのため、企業が最優先で取り組むべきは「現行ルールを正しく運用すること」です。社員の通勤経路や定期代を最新の状態で把握し、非課税限度額を超えないように管理することが欠かせません。

ありがちな問題は、リモートワークが定着してほとんど出社していない社員に対して、以前と同じ定期代を非課税扱いで支給し続けるケースです。実態と乖離が大きい場合、税務調査で「通勤にかかる実費ではない」と判断されるリスクがあります。また、通勤経路が複数ある場合は「合理的で経済的なルート」を選定する必要があり、社員の希望だけで判断するとリスクが生じます。

つまり現行制度を軽視せず、今の段階から適正に処理しておくことが、将来の法改正があった際にも慌てず対応できる土台となるのです。

規程やシステムの柔軟性を確保する

通勤手当の課税が将来導入される可能性を踏まえると、企業としては規程や給与システムを柔軟に変更できる体制を整えておくことが重要です。多くの会社では、就業規則や賃金規程に「通勤手当は非課税」といった表現が明記されている場合がありますが、法改正後にそのまま残しておくと、規程と実務に齟齬が生じて混乱の原因になります。

また、給与計算システムが非課税処理を前提として固定されている場合、法改正時に迅速な対応ができず、誤った課税処理を招く恐れがあります。たとえば、課税分と非課税分を分けて入力できる仕様にしておけば、変更があっても比較的スムーズに調整可能です。

さらに、将来的に制度が段階的に変更される可能性もあるため、システムや規程は「完全固定」ではなく「変更を前提とした設計」にしておくことが望ましいでしょう。

準備を先送りすると、法改正後に慌ただしく対応を迫られ、業務負担やリスクが増大します。

社員への説明・情報共有

通勤手当の課税が正式に決まった場合、最も影響を受けるのは社員です。そのため企業は、制度変更が決まってから慌てて周知するのではなく、あらかじめ「今は検討段階であり、将来的に変更される可能性がある」と伝えておくことが大切です。

情報共有を怠ると、給与明細に課税分が反映された際に「なぜ減額されたのか」「説明を受けていない」といった不満が噴出し、経営層への信頼低下につながりかねません。実務では、社内ポータルや人事からのメールなど複数のチャネルを使って段階的に案内することが効果的です。

特に現場社員は税制改正の背景を理解しにくいため「法改正に基づくものであり、会社独自の判断ではない」という点を明確に伝えることが不可欠です。

さらに、問い合わせ窓口を明示しておけば、不安や疑問を吸い上げやすくなり、混乱の抑制につながります。

まとめ

通勤手当は現行制度のもとで一定額まで非課税とされていますが、上限を超えた支給や実態に合わない支給は課税対象となるため、正確な管理が欠かせません。

一方で、政府では財政負担や制度の公平性を理由に課税案が検討されており、報道でも非課税枠の縮小や課税化の可能性が取り上げられています。ただし、現時点で「いつから課税が始まるのか」は決まっていません。

企業が今できる最善の対応は、現行ルールを適正に運用しつつ、規程や給与システムを柔軟に変更できるよう備えることです。また、社員への丁寧な情報共有によって、不安や不満の拡大を防ぐことも重要です。

制度変更は突然訪れるものではありません。今から準備を進めておけば、将来の法改正にも落ち着いて対応でき、組織の信頼性を守ることにつながります。